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Sigue existiendo un claro predominio del libro religioso, especialmente de las biblias. Destaca la "Biblia políglota complutense" o "de Alcalá", en hebreo, caldeo, griego y latín, patrocinada por el cardenal Cisneros. Tardó 3 años en imprimirse, de 1514 al 1517, aunque no se publicó hasta 1520. Así comienza la época de las grandes biblias políglotas: "Biblia políglota regia" o "de Amberes", en hebreo, latín y griego (1568-1572), "Biblia políglota" de Antoine Vitré (1628-1655), en hebreo, samaritano, griego, siríaco, latín y árabe, o la "Biblia políglota sacra" impresa por Thomas Roycroft en hebreo, latín, griego, arameo, siríaco, samaritano, etiópico, árabe y persa. Entre los libros laicos destacan los dedicados a la enseñanza (gramáticas, diccionarios, etc.) y las obras de autores clásicos.

Se dan una serie de medidas restrictivas y factores negativos que irán produciendo una decadencia en la impresión. Las disputas religiosas entre la Iglesia y Lutero también afectan negativamente al libro, por ejemplo el implante de una licencia obligatoria previa a la impresión. El Concilio de Trento (1545-1563) traerá la Contrarreforma y con ella la Sagrada Congregación del Índice, encargada de recopilar todos los libros prohibidos a los católicos en "El Índice de libros prohibidos. En 1559, Pablo IV promulga el primer Índice, aunque contenía numerosas erratas, llegaba a incluir libros escritos por religiosos. Pero a lo largo de los años fue corregido, reformado y actualizado. También se proclama la Vulgata como único texto válido de la Biblia, se definen los libros considerados censurables (libros heréticos, de magia o los contrarios a las "buenas" costumbres) y se prohibe la impresión de obras sin autorización del obispo.

La censura se va haciendo cada vez más restrictiva, tanto en los aspectos religiosos como civiles. En 1501 el papa Alejandro VI introduce la censura previa de los escritos, en España los reyes Católicos ordenan en 1502, someter a las autoridades religiosas los libros a imprimir. El Concilio de Letrán (1515) prohibe imprimir libros sin autorización del obispo. En 1517 se inicia la rebelión de Lutero, y posteriormente se dictan numerosas sentencias que prohiben sus libros.

Se utilizaron otros muchos medios, por ejemplo, limitando el establecimiento de talleres de imprentas, el número de aprendices en ellas, el número de máquinas y las clases de caracteres. Los impresores no podían realizar ningún trabajo sin el permiso y la conformidad de los censores.