Chemscape Chime (Chime) es un módulo, conector o plug-in para los navegadores de páginas web Netscape Navigator(R)  e Internet Explorer(R).

Cuando se instala en el navegador, permite que se visualicen en las páginas web estructuras químicas definidas mediante archivos de formatos correspondientes a programas de visualización molecular.

Soporta distintos formatos de archivos moleculares tales como Brookhaven Protein Databank (pdb), Molfile (mol) o Xmol (xyz).

Chime ha sido creado por MDL Information Systems Inc. y es de libre distibución. Existen versiones de este plug-in para los entornos PC y Mac.

La primera versión de Chime (v 1.0) era solamente para Netscape Navigator, de ahí su nombre. La versión actual (v. 2.0.3) es compatible con Netscape Navigator 3.04 y posteriores, con Netscape Communicator 4.05 y posteriores, y con Internet Explorer 4.01 y 5.0.

Hemos constatado que, a veces, el navegador Internet Explorer, trabajando desconectado de Internet, da errores en la visualización de los archivos moleculares. Puede recurrir a las FAQ del sitio web de Chime para subsanar esta posible irregularidad.


Para instalar Chime lo primero que debemos hacer es descargar el programa que tiene un tamaño de 2 megabytes.
 Descargar Chime

Una vez descargado, sólo hay que ejecutarlo siguiendo las pantallas del asistente para la instalación. De esta manera el navegador estará listo para visualizar los archivos de estructuras moleculares.


Si Chime está correctamente instalado en su navegador, podrá ver en el recuadro de la derecha una molécula de alanina girando.

Las moléculas que se visualizan con Chime en las páginas web no son simples imágenes, son moléculas "activas" que permiten interactividad. El usuario puede realizar sobre ellas distintas manipulaciones.

Manipulaciones de las moléculas con el ratón y el teclado:
 

Acción Windows Macintosh
Girar Botón izquierdo y arrastrar Botón y arrastrar
Trasladar X,Y Ctrl-botón derecho y arrastrar Comando y arrastrar
Zoom Mayúsculas-botón izquierdo y arrastrar Mayúsculas y arrastrar
Girar sobre Z Mayúsculas-botón derecho y arrastrar Mayúsculas-Comando

 Manipulaciones de las moléculas utilizando el menú desplegable:

Al pulsar el botón derecho del ratón sobre ella la molécula se abre un menú con distintas opciones. A continuación reseñamos sólo algunas de ellas:
File: Almacena el archivo molecular en el disco duro. Es la opción que debemos seleccionar cuando estemos viendo una molécula en Internet y queramos guardar el fichero en nuestro disco duro para usos posteriores sin conexión.
Edit: Con la opción Copy podemos hacer una captura de pantalla de la ventana que contiene la molécula, con lo que pasa al portapapeles y podremos pegarla en un programa de gráficos o en un procesador de textos como una imagen estática. También puede transferir la molécula a ISIS Draw, programa de representación y diseño de moléculas en dos dimensiones que también es un programa gratuito de MDL.
2D Rendering: Transforma la presentación tridimensional en otra bidimensional que corresponde a la orientación que tenga la molécula en el espacio en ese momento.
Rotation: Hace que la molécula gire de manera continua.
Display: Visualiza distintos modelos moleculares, entre ellos el de alambre (Wireframe), varillas (Sticks), bolas y varillas (Ball & Stick) y modelo de esferas sólidas o de ocupación en el espacio (Spacefill).
Options: Permite múltiples manipulaciones de la representación molecular, muchas de ellas son muy útiles para macromoléculas como proteínas y ácidos nucleicos. Las 5 primeras opciones permiten ocultar o mostrar algunos elementos de la molécula; así, Display Hydrogens, lo hace con los hidrógenos; Display Wireframe Double Bonds, permite mostrar los dobles enlaces como tales o como enlaces simples.